中文网站
Благодарим ви, че посетихте Nature.com. Използвате версия на браузъра с ограничена поддръжка на CSS. За най-добро изживяване ви препоръчваме да използвате актуализиран браузър (или да деактивирате режима на съвместимост в Internet Explorer). Освен това, за да осигурим постоянна поддръжка, показваме сайта без стилове и JavaScript.
Показва карусел от три слайда едновременно. Използвайте бутоните „Предишна“ и „Следваща“, за да се придвижвате през три слайда едновременно, или използвайте плъзгачите в края, за да се придвижвате през три слайда едновременно.
След избухването на коронавирусната болест (COVID-19) през 2019 г., по целия свят бяха разработени много търговски тестове за амплификация на нуклеинови киселини (NAAT), които се превърнаха в стандартни анализи. Въпреки че няколко теста бяха бързо разработени и приложени за лабораторни диагностични тестове, ефективността на тези тестове не е била оценявана в различни условия. Следователно, това проучване имаше за цел да оцени ефективността на анализите Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI и Sansure Biotech, използвайки Composite Referente Standard (CRS). Проучването е проведено в Етиопския институт за обществено здраве (EPHI) от 1 до 30 декември 2020 г. 164 назофарингеални проби бяха извлечени с помощта на QIAamp RNA mini kit и системата за подготовка на проби Abbott DNA. От 164 проби, 59,1% бяха положителни, а 40,9% - отрицателни за CRS. Позитивността на Sansure Biotech беше значително ниска в сравнение с CRS (p < 0,05). Позитивността на Sansure Biotech беше значително ниска в сравнение с CRS (p < 0,05). Положителните резултати от Sansure Biotech са значително по-ниски в сравнение с CRS (p <0,05). Положителните резултати на Sansure Biotech бяха значително по-ниски в сравнение с CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低．(p <0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低．(p <0,05). В Sansure Biotech имаше значително по-малко положителни резултати в сравнение с CRS (p <0,05). Sansure Biotech имаше значително по-малко положителни резултати в сравнение с CRS (p < 0,05).Общото съгласие на четирите анализа беше 96,3–100% в сравнение с CRS. В допълнение към ниския процент на положителност на анализа Sansure Biotech, производителността на четирите анализа беше почти сравнима. Поради това, анализът Sansure Biotech [само за изследвания (RUO)] изисква допълнителна валидация за използването му в Етиопия. И накрая, трябва да се обмислят допълнителни изследвания, за да се оценят анализите с подходящи твърдения на производителя.
Лабораторните тестове са част от Стратегическия план за готовност и реагиране (SPRP) на Световната здравна организация (СЗО) за коронавирусна болест 2019 (COVID-19). СЗО съветва страните да изградят лабораторен капацитет, за да подобрят готовността, правилното управление на случаите, бдителността и бързата реакция на предизвикателствата пред общественото здраве. Това предполага, че ролята на лабораторията е ключова за характеризиране на заболяването и епидемиологията на нововъзникващите инфекциозни агенти и контролирането на тяхното разпространение.
Диагнозата COVID-19 изисква епидемиологична и медицинска информация, лични симптоми/признаци, както и рентгенографски и лабораторни данни2. След докладването на епидемията от COVID-19 в Ухан, Китай, по целия свят са разработени много търговски тестове за амплификация на нуклеинови киселини (NAATs). Полимеразна верижна реакция с обратна транскрипция в реално време (rRT-PCR) се използва като рутинен и стандартен метод за лабораторна диагностика на инфекция с тежък остър респираторен синдром 2 (SARS-CoV-2)3. Молекулярното откриване на SARS-CoV-2 обикновено се основава на гените N (ген за нуклеокапсиден протеин), E (ген за обвивния протеин) и RdRp (ген за РНК-зависима РНК полимераза) в ORF1a/b (ген за отворена рамка за четене 1a/b) региона, идентифицирани от вирусния геном. Те се считат за основните консервирани региони, открити във вирусните геноми за разпознаване на вируси4. Сред тези гени, гените RdRp и E имат висока аналитична чувствителност на откриване, докато генът N има ниска аналитична чувствителност5.
Производителността на PCR анализите може да варира в зависимост от различни фактори, като например: екстракционни реагенти, реагенти за амплификация/детекция, метод на екстракция, качество на PCR машината и други инструменти. Към април 2020 г. повече от 48 различни диагностични устройства от девет държави са получили разрешение за спешна употреба (EUA) за диагностика на COVID-196. В Етиопия повече от 14 PCR платформи в реално време се използват за PCR откриване на SARS-CoV-2 в 26 обществени здравни заведения, включително ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 и Quant-studio7. Освен това се предлагат различни PCR тестови комплекти, като Daan Gene test, Abbott SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test и SARS-CoV-2 BGI test. Въпреки че rRT-PCR е силно чувствителен, някои пациенти с COVID-19 съобщават за фалшиво отрицателни резултати поради недостатъчни копия на вирусна рибонуклеинова киселина (РНК) в пробите, причинени от неправилно събиране, транспортиране, съхранение и обработка, както и от лабораторни условия и действия на персонала8. Освен това, неправилното боравене с пробата или контролата, настройката на прага на цикъла (Ct) и кръстосаната реактивност с други патогенни нуклеинови киселини или неактивна/остатъчна РНК на SARS-CoV-2 могат да доведат до фалшиво положителни резултати в rRT-PCR9 анализите. По този начин е ясно, че PCR тестовете наистина могат да идентифицират носители на генни фрагменти, тъй като те дори не могат да разграничат наистина активните вирусни гени, така че тестовете могат да идентифицират само носители, а не пациенти10. Следователно е важно да се оцени диагностичната ефективност, използвайки стандартни методи в нашите условия. Въпреки че много NAAT реагенти са налични в Етиопския институт за обществено здраве (EPHI) и в цялата страна, все още не е докладвана сравнителна оценка на тяхната ефективност. Следователно, това проучване имаше за цел да оцени сравнителната ефективност на наличните в търговската мрежа комплекти за откриване на SARS-CoV-2 чрез rRT-PCR, използвайки клинични проби.
Общо 164 участници със съмнение за COVID-19 бяха включени в това проучване. По-голямата част от пробите бяха от лечебни центрове (118/164 = 72%), докато останалите 46 (28%) участници бяха от нелекувани центрове. Сред участниците, които не са лекувани в центъра, 15 (9,1%) имаха клинично съмнителни случаи, а 31 (18,9%) имаха контакти с потвърдени случаи. Деветдесет и трима (56,7%) участници бяха мъже, а средната (± SD) възраст на участниците беше 31,10 (± 11,82) години.
В това проучване бяха определени процентите на положителни и отрицателни резултати от четири теста за COVID-19. По този начин, процентите на положителни резултати от анализа Abbott SARS-CoV-2, анализа Daan Gene 2019-nCoV, анализа SARS-CoV-2 BGI и анализа Sansure Biotech 2019-nCoV бяха съответно 59,1%, 58,5%, 57,9% и 55,5%. Резултатите от положителния и отрицателния съставен референтен стандарт (CRS) бяха съответно 97 (59,1%) и 67 (40,9%) (Таблица 1). В това проучване определението за CRS се основаваше на правилото „всеки положителен“, при което от четири резултата от теста, два или повече резултата от теста, които дадоха един и същ резултат, се считаха за истински положителни или отрицателни.
В това проучване открихме отрицателен процент на съответствие (NPA) от 100% (95% CI 94.6–100) за всички анализи в сравнение с CRS. Анализът на Sansure Biotechnology показа минимален PPA от 93.8% (95% CI 87.2-97.1), а анализът на Daan Gene 2019-nCoV имаше общо съответствие от 99.4% (95% CI 96.6-99.9). За разлика от това, общото съответствие между анализа SARS-CoV-2 BGI и анализа Sansure Biotech 2019-nCoV беше съответно 98.8% и 96.3% (Таблица 2).
Коефициентът на съгласуваност на Cohen kappa между резултатите от CRS и Abbott SARS-CoV-2 анализа е напълно съвместим (K = 1,00). По подобен начин, стойностите на Cohen kappa, открити от Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI и Sansure Biotech 2019-nCoV, също са напълно съвместими с CRS (K ≥ 0,925). В този сравнителен анализ, хи-квадрат тестът (тест на McNemar) показа, че резултатите от анализа Sansure Biotech 2019-nCoV са значително различни от резултатите от CRS (p = 0,031) (Таблица 2).
Както е показано на фиг.1 процентът на най-ниската Ct стойност (< 20 Ct) от анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбиниран RdRp и N ген) е 87,6%, а Ct стойността на ORF1a/b гена от анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показва, че процентът на ниската Ct стойност (< 20 Ct) е 50,3%, а на високата Ct стойност (36–40 Ct) е 3,2%. 1 процентът на най-ниската Ct стойност (< 20 Ct) от анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбиниран RdRp и N ген) е 87,6%, а Ct стойността на ORF1a/b гена от анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показва, че процентът на ниската Ct стойност (< 20 Ct) е 50,3%, а на високата Ct стойност (36–40 Ct) е 3,2%.Както е показано на фиг.1, процентът на най-малкото значение на Ct (< 20 Ct) от анализа на Abbott SARS-CoV-2 (комбиниран ген RdRp и N) възлиза на 87,6%, а значението на Ct на гена ORF1a/b от анализа на Sansure Biotech 2019-nCoV показа, че процентът на ниското значение на Ct (< 20 Ct) представлява 50,3%, с високо значение на Ct (36–40 Ct) съставено 3,2%. 1, процентът на най-ниската Ct стойност (< 20 Ct) от анализа на Abbott SARS-CoV-2 (комбиниран ген RdRp и N) е 87,6%, а Ct стойността от анализа на ORF1a/b гена на Sansure Biotech 2019-nCoV показва, че процентът на ниската Ct стойност (< 20 Ct) е 50,3%, а на високата Ct стойност (36–40 Ct) е 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%,高Ct 值(36–40 Ct)的百分比为3,2% Както е показано на Фигура 1, най-ниският процент на Ct стойност (< 20 Ct) на теста Abbott SARS-CoV-2 (комбинация от RdRp и N ген) е 87,6%, стойността на Ct на ORF1a/b гена на теста Sansure Biotech 2019-nCoV показва нисък процент на Ct值(< 20 Ct) е 50,3%, а процентът на 高Ct值(36–40 Ct) е 3,2%. Както е показано на фигура 1, анализът на Abbott SARS-CoV-2 (съставящ гени RdRp и N) има само ниско процентно значение Ct (< 20 Ct) в размер на 87,6%, значение на Ct гена ORF1a/b в изследванията на Sansure Biotech 2019 - Анализът на nCoV показа нисък Ct. Както е показано на Фигура 1, анализът на Abbott SARS-CoV-2 (комбиниращ гените RdRp и N) показа най-ниската процентна стойност на Ct (< 20 Ct) при 87,6%, докато стойността на Ct на гена ORF1a/b в проучването Sansure Biotech 2019 – Анализът на nCoV показа нисък Ct. Процентът на стойностите (< 20 Ct) възлиза на 50,3%, а процентът на високите стойности на Ct (36–40 Ct) възлиза на 3,2%. Процентът на стойностите (< 20 Ct) е 50,3%, а процентът на високите стойности на Ct (36–40 Ct) е 3,2%.Тестът Abbott SARS-CoV-2 B регистрира стойности на Ct над 30. От друга страна, при анализа BGI SARS-CoV-2 генът ORF1a/b имаше висока Ct стойност (> 36 Ct), като процентът беше 4% (фиг. 1). От друга страна, при анализа BGI SARS-CoV-2 генът ORF1a/b имаше висока Ct стойност (> 36 Ct), като процентът беше 4% (фиг. 1). От друга страна, в анализа на BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имаше високо значение Ct (> 36 Ct), процентът който съставляваше 4% (рис. 1). От друга страна, при анализа на BGI, генът ORF1a/b на SARS-CoV-2 показа висока Ct стойност (> 36 Ct), чийто процент беше 4% (фиг. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%(图1）。 От друга страна, при BGI откриване на SARS-CoV-2, процентът на ORF1a/b гена с висока Ct стойност (>36 Ct) е 4% (Фигура 1). От друга страна в анализа BGI SARS-CoV-2 процентът на гени ORF1a/b с високи стойности Ct (>36 Ct) възлиза на 4% (рис. 1). От друга страна, в анализа на BGI SARS-CoV-2, процентът на ORF1a/b гени с високи Ct стойности (>36 Ct) е 4% (фиг. 1).
В това проучване взехме 164 назофарингеални проби. За всички видове анализи, изолирането и амплификацията на РНК бяха извършени с помощта на методите и комплектите, препоръчани от съответните производители.
Това проучване демонстрира, че тестът на Abbott за SARS-CoV-2 има същата ефективност на откриване като CRS, със 100% положителни, отрицателни и общо съответствие. Каппа съответствието на Cohen е 1,00, което показва пълно съответствие с CRS. Подобно проучване на Университета на Вашингтон в САЩ установи, че общата чувствителност и специфичност на теста на Abbott за SARS-CoV-2 е съответно 93% и 100% в сравнение с лабораторно определения анализ (LDA) на CDC. 11. Системата за откриване на Abbott SARS-CoV-2 се основава на едновременното комбинирано откриване на гените N и RdRp, тъй като и двата гена са по-чувствителни, което минимизира фалшиво отрицателните резултати12. Проучване във Виена, Австрия, също показа, че големите обеми на екстракционната проба и обемите на елуента за откриване минимизират ефектите на разреждане и повишават ефективността на откриване13. По този начин, перфектното съвпадение на Abbott за анализа на SARS-CoV-2 може да се свърже със система за откриване на платформа, която едновременно открива комбинаторни гени, екстрахира голям брой проби (0,5 ml) и използва голямо количество елуент (40 µl).
Нашите резултати също така показаха, че ефективността на откриване на генетичния тест Daan е почти същата като тази на CRS. Това е в съответствие с проучване14, проведено в университета Anhui в Хуайнан, Китай, и твърдението на производителя за 100% положително съответствие. Въпреки съобщенията за последователни резултати, една проба е била фалшиво отрицателна след повторно тестване на същия елуат, но е била положителна в анализите Abbott SARS-CoV-2 и Sansure Biotech nCoV-2019. Това предполага, че може да има вариабилност в резултатите между различните видове анализи. Въпреки това, в проучването, проведено в Китай15, резултатът от анализа Daan Gene е значително различен (p < 0,05) в сравнение с техния лабораторно дефиниран референтен анализ. Въпреки това, в проучването, проведено в Китай15, резултатът от анализа Daan Gene е значително различен (p < 0,05) в сравнение с техния лабораторно дефиниран референтен анализ. Темата не е по-малко, в изследването, проведено в Китай15, резултатът от анализа на Daan Gene се отличава значително (p <0,05) от техния лабораторен еталонен анализ. Въпреки това, в проучване в Китай15, резултатът от анализа на Daan Gene се различава значително (p < 0,05) от техния лабораторен референтен анализ.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异＂(p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Въпреки това в изследването, проведено в Китай15, резултатите от генетичния тест Daan значително се отличават (p <0,05) в сравнение с неговия еталонен лабораторен тест. Въпреки това, в проучване в Китай15, резултатите от генетичния тест на Даан са значително различни (p < 0,05) в сравнение с теста от референтната лаборатория.Това несъответствие може да се дължи на чувствителността на референтния тест за откриване на SARS-CoV-2 и допълнителни изследвания може да са важни за определяне на причината.
В допълнение, нашето проучване оцени сравнителната ефективност на BGI теста на SARS-CoV-2 с CRS, показвайки отличен процент на положително съответствие (PPA = 97,9%), процент на отрицателно съответствие (NPA = 100%) и общ процент на съответствие по пол (OPA). = 98,8%). Стойностите на Капа на Коен показаха добро съответствие (K = 0,975). Проучвания в Холандия16 и Китай15 показаха последователни резултати. BGI тестът на SARS-CoV-2 е тест за откриване на един ген (ORF1a/b), използващ 10 µl елуат за амплификация/детектиране. Въпреки доброто статистическо съответствие с нашите референтни резултати, анализът пропусна две положителни проби (1,22%) от общата проба. Това може да има огромни клинични последици за динамиката на предаване както на ниво пациент, така и на ниво общност.
Друг сравнителен анализ, включен в това проучване, беше анализът Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); общият процент на съвпадение беше 96,3%. Силата на съответствие беше определена и от стойността на Капа на Коен, която беше 0,925, което показва пълно съответствие с CRS. Отново, нашите резултати са идентични с проучвания, проведени в Централния южен университет в Чанша, Китай, и в Клиничното лабораторно отделение на Народната болница Лиуджоу, град Лиуджоу, Китай17. Въпреки че беше регистрирано гореспоменатото добро статистическо съответствие, тестът хи-квадрат (тест на МакНемар) показа, че резултатът от анализа на Sansure Biotech има статистически значима разлика в сравнение с CRS (p < 0,005). Въпреки че беше регистрирано гореспоменатото добро статистическо съответствие, тестът хи-квадрат (тест на МакНемар) показа, че резултатът от анализа на Sansure Biotech има статистически значима разлика в сравнение с CRS (p < 0,005). Независимо от това, че беше установено посоченото по-горе добро статистическо съответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показа, че резултатът от анализа на Sansure Biotech има статистически значима разлика в сравнение с CRS (p < 0,005). Въпреки че е регистрирано доброто статистическо съответствие по-горе, тестът хи-квадрат (тест на McNemar) показа, че резултатът от анализа Sansure Biotech има статистически значима разлика в сравнение с CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异 (p < 0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。))）) Въпреки отбелязаното по-високо добро статистическо съответствие, критерият хи-квадрат (критерий Макнемара) показа статистически значима разлика (p <0,005) между анализите Sansure Biotech и CRS. Въпреки доброто статистическо съответствие, отбелязано по-горе, тестът хи-квадрат (тест на McNemar) показа статистически значима разлика (p < 0,005) между анализа Sansure Biotech и CRS.Шест проби (3,66%) са били фалшиво отрицателни в сравнение с CRS (Допълнителна таблица 1); това е много важно, особено като се има предвид динамиката на предаване на вируса. Горните данни също подкрепят този нисък процент на откриване15.
В това проучване бяха определени Ct стойности за всеки анализ и съответната платформа, като най-ниската средна Ct стойност е отчетена в анализа Abbott SARS-CoV-2. Този резултат може да е свързан със системата за едновременно комбинирано генетично тестване на Abbott за откриване на SARS-CoV-2. Следователно, според Фигура 1, 87,6% от резултатите от Abbott SARS-CoV-2 са имали Ct стойности под 20. Само малък брой резултати от пробите (12,4%) са били в диапазона 20-30. Ct стойности над 30 не са регистрирани. В допълнение към използването от Abbott на формата за генетично тестване на панела SARS-CoV-2, този резултат може да е свързан с долната граница на откриване (32,5 РНК копия/mL)18, която е три пъти по-ниска от долната граница на компанията от 100 РНК копия/mL (mL)19.
Това проучване има някои ограничения: първо, не разполагаме със стандартни/референтни методи [като вирусно натоварване или други лабораторни тестове (LDA)] поради липса на ресурси. Второ, всички проби, използвани в това проучване, са назофарингеални тампони, докато резултатите не са приложими за други видове проби, и трето, размерът на нашата извадка е малък.
Това проучване сравнява ефективността на четири rRT-PCR анализа за SARS-CoV-2, използващи назофарингеални проби. Всички тестове за откриване имат почти сравнима ефективност, с изключение на анализа на Sansure Biotech. Освен това, ниският процент на положителност беше установен в анализа Sansure Biotech в сравнение с CRS (p < 0,05). Освен това, ниският процент на положителност беше установен в анализа Sansure Biotech в сравнение с CRS (p < 0,05). Освен това, в теста Sansure Biotech е отбелязан нисък процент положителни резултати в сравнение с CRS (p <0,05). Освен това, тестът на Sansure Biotech показа нисък процент положителни резултати в сравнение с CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05). Освен това анализът на Sansure Biotech има по-ниско ниво на положителни резултати в сравнение с CRS (p <0,05). Освен това, анализът Sansure Biotech имаше по-нисък процент на положителност в сравнение с CRS (p < 0,05).Анализът на Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) на PPA, NPA и общото съответствие надхвърли 93,5% със сила на съответствие по Коен Капа от 0,925. И накрая, анализът Sansure Biotech (RUO) се нуждае от допълнително валидиране за употреба в Етиопия и трябва да се обмислят допълнителни изследвания за оценка на твърденията на отделните производители.
Сравнителното проучване е проведено в четири здравни заведения в Адис Абеба: болница „Ека Котебе“, лечебен център „Милениум Чърч“, мемориална болница „Зевудиту“ и специализирана болница за туберкулоза „Свети Петър“. Данните са събрани между 1 и 31 декември 2020 г. Медицинските заведения за това проучване са избрани целенасочено въз основа на големия брой случаи и наличието на големи лечебни центрове в града. По подобен начин, инструменти, включително инструментите за PCR в реално време ABI 7500 и Abbott m2000, са избрани съгласно препоръките на производителите на NAAT реагенти, а за това проучване са избрани четири PCR комплекта за откриване, тъй като повечето лаборатории в Етиопия използват поне четири от тях. Генен тест, тест Abbott SARS-CoV-2, тест Sansure Biotech и SARS-CoV-2 BGI тест (извършени по време на проучването).
Тестването за SARS-CoV-2 беше проведено от 1 до 30 декември 2020 г., използвайки 3 ml вирусна транспортна среда (VTM) (Miraclean Technology, Шенжен, Китай) от лица, изследвани за COVID-19, насочени към EPHI. Назофарингеалните проби бяха събрани от обучени лица за събиране на проби и изпратени до EPHI в тройни опаковки. Преди изолиране на нуклеинова киселина, на всяка проба е присвоен уникален идентификационен номер. Екстракцията се извършва от всяка проба веднага след пристигането ѝ, като се използват ръчни и автоматични методи за екстракция. По този начин, за автоматичната екстракция на Abbott m2000, 1,3 ml (включително 0,8 ml мъртъв обем и 0,5 ml входен обем за екстракция) от пробата бяха извлечени от всяка проба и прекарани през системата за подготовка на ДНК проби Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, САЩ). Партида от 96 [92 проби, два контролни за откриване и два не-матрични контролни (NTC)] беше включена в цялостния процес (извличане и откриване) на два кръга на SARS-CoV-2 (EUA) в реално време. По подобен начин, за ръчна екстракция, използвайте същите проби (за автоматична екстракция и откриване). По този начин, по време на целия процес, 140 µl проби бяха аликвотирани и екстрахирани с помощта на QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Хилден, Германия) на партиди от 24 (включително 20 проби, две контроли за анализ и две NTC) в рамките на девет цикъла. Ръчно екстрахираните елуати бяха амплифицирани и открити с помощта на термоциклер ABI 7500, използвайки SARS-CoV-2 BGI анализ, Daan Gene анализ и Sansure Biotech анализ.
Автоматизираното изолиране и пречистване на вирусната РНК на SARS-CoV-2 следва принципа на магнитните перли, използвайки реагенти за подготовка на ДНК проби Abbott. Инактивирането на пробите и разтварянето на вирусните частици се извършва с помощта на детергент, съдържащ гуанидин изотиоцианат, за денатуриране на протеина и инактивиране на РНК-аза. След това РНК се отделя от протеина чрез твърдофазно разделяне с помощта на силициев диоксид, т.е. гуанидиниевата сол и алкалното pH на лизиращия буфер насърчават свързването на нуклеиновите киселини със силициевия диоксид (SiO2). Етапът на изплакване премахва останалите протеини и отломки, за да се получи бистър разтвор. Прозрачната РНК се изолира от микрочастици на основата на силициев диоксид, използвайки магнитното поле на инструмента20,21. От друга страна, ръчното изолиране и пречистване на РНК се извършва чрез метода на спин колона, използвайки центрофугиране вместо магнитна стойка и отделяне на микрочастиците от елуента.
Тестът за откриване на SARS-CoV-2 в реално време на Abbott (Abbott Molecular, Inc.) беше проведен съгласно инструкциите на производителя, който получи EUA19,22 от СЗО и FDA. В този протокол инактивирането на пробата преди екстракция беше извършено във водна баня при 56 °C за 30 минути. След инактивиране на вируса, екстракцията на нуклеинова киселина беше извършена на инструмент Abbott m2000 SP от 0,5 ml VTM, използвайки система за подготовка на ДНК проби Abbott m2000, съгласно производителя. Амплификацията и детекцията бяха извършени с помощта на инструмент Abbott m2000 RT-PCR, като беше извършена двойна детекция за гените RdRp и N. ROX) и VIC P (патентовано багрило) за насочване и откриване на вътрешни контроли, позволявайки едновременно откриване и на двата продукта от амплификацията 19.
Методът за откриване на амплификация на този комплект е базиран на едноетапна RT-PCR технология. Гените ORF1a/b и N бяха избрани като консервирани региони от Daan Gene Technology за откриване на амплификация на целевия регион. Специфични праймери и флуоресцентни сонди (N генни сонди, маркирани с FAM, ORF1a/b сонди, маркирани с VIC) са разработени за откриване на SARS-CoV-2 РНК в проби. Крайният елуент и мастер миксовете бяха приготвени чрез добавяне на 5 µl елуент към 20 µl от мастер микса до краен обем от 25 µl. Амплификацията и откриването бяха извършени едновременно на инструмент за PCR в реално време ABI 750024.
Гените ORF1a/b и N бяха открити с помощта на Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (флуоресцентна PCR детекция). Пригответе специфични сонди за всеки целеви ген, като изберете FAM канала за ORF1a/b региона и ROX канала за N гена. Към този комплект за анализ се добавят елуент и master mix реагенти, както следва: пригответе 30 µl master mix реагент и 20 µl елуирана проба за детекция/амплификация. За амплификация/детекция беше използван Real-time PCR ABI 750025.
Тестът SARS-CoV-2 BGI е флуоресцентен комплект за rRT-PCR в реално време за диагностициране на COVID-19. Целевата област е разположена в ORF1a/b областта на генома на SARS-CoV-2, което е метод за откриване на един ген. Освен това, човешкият домашен ген β-актин е вътрешно регулиран целеви ген. Мастер миксът се приготвя чрез смесване на 20 µl от реагента на мастер микса и 10 µl от екстрахираната РНК проба в ямкова плака26. За амплификация и откриване е използван флуоресцентен количествен PCR инструмент в реално време ABI 7500. Цялата амплификация на нуклеинови киселини, условията на PCR провеждане за всеки анализ и интерпретацията на резултатите са извършени съгласно съответните инструкции на производителя (Таблица 3).
В този сравнителен анализ не използвахме метода на референтния стандарт, за да определим процента на съответствие (положително, отрицателно и общо) и други параметри за сравнение за четирите анализа. Всяко сравнение на тестовете беше извършено с CRS (Comparative Relations Relations - общ анализ на резултатите), като в това проучване CRS беше зададен по правилото „всеки положителен“ и резултатът беше определен не от един тест, а от поне два съвпадащи резултата от тестове. Освен това, в случай на предаване на COVID-19, фалшиво отрицателните резултати са по-опасни от фалшиво положителните. Следователно, за да се каже „положителен“ възможно най-точно от резултат от CRS, поне два теста трябва да са положителни, което означава, че поне един положителен резултат вероятно е от EUA анализ. По този начин, от четири резултата от тестове, два или повече резултата от тестове, които дават един и същ резултат, се считат за истински положителни или отрицателни18,27.
Данните бяха събрани с помощта на структурирани формуляри за извличане на данни, въвеждането и анализът на данните бяха извършени с помощта на статистически софтуер Excel и SPSS версия 23.0 за описателна статистика. Анализирани бяха положителни, отрицателни и общи проценти на съответствие, а за определяне на степента на съответствие на всеки метод с CRS беше използван Kappa резултат. Kappa стойностите се интерпретират, както следва: 0,01 до 0,20 за леко съответствие, 0,21 до 0,40 за общо съответствие, 0,41-0,60 за умерено съответствие, 0,61-0,80 за основно съответствие и 0,81-0,99 за пълно съответствие28.
Етично разрешение е получено от Университета в Адис Абеба и всички експериментални протоколи за това проучване са одобрени от Научния етичен преглед на Етиопския институт за обществено здраве. Референтният номер на етичния лиценз на EPHI е EPHI/IRB-279-2020. Всички методи са приложени в съответствие с препоръките и разпоредбите на Етиопските национални всеобхватни насоки за лечение на COVID-19. Освен това е получено писмено информирано съгласие от всички участници в проучването преди участието им в него.
Всички данни, получени или анализирани в това проучване, са включени в тази публикувана статия. Данни, подкрепящи резултатите от това проучване, са предоставени от съответния автор при разумно искане.
Световна здравна организация. Препоръки за стратегии за лабораторно тестване за COVID-19: Временно ръководство, 21 март 2020 г. № WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (СЗО, 2020).
Мулиу, Д.С., Пантазопулос, И. и Гургулянис, К.И. Интелигентна диагностика на COVID-19 в спешното отделение: Всичко в практиката. Мулиу, Д.С., Пантазопулос, И. и Гургулянис, К.И. Интелигентна диагностика на COVID-19 в спешното отделение: Всичко в практиката.Мулиу, Д.С., Пантазопулос, И. и Гургулянис, К.И. Интелигентна диагностика на COVID-19 в спешното отделение: всичко на практика.Мулиу Д.С., Пантазопулос И. и Гургулянис К.И. Интелигентна диагностика на COVID-19 в спешните отделения: цялостна интеграция в практиката. Експерт Reverend Respire. медицина. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Оценка на теста COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Оценка на теста COVID19 ID NOW EUA.Мичъл, С.Л. и Сейнт Джордж, К. Оценка на теста COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL и St. George K. Оценка на теста COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
СЗО. Лабораторно откриване на коронавирусно заболяване 2019 (COVID-19) при предполагаемо заболяване при хора. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (достъп на 15 август 2020 г.) (СЗО, 2020 г.).
Удугама, Б. и др. Диагностика на COVID-19: Заболявания и инструменти за тестване. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Създаване на Колеж на патолозите от Източна, Централна и Южна Африка – Регионално училище по патология на Близкия изток и Южна Африка. Африка. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Етиопски институт за обществено здраве, Федерално министерство на здравеопазването. Временна национална стратегия и насоки за лабораторна диагностика на COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (достъпно на 12 август 2020 г.) (EPHI, 2020).
Волошин, С., Пател, Н. и Кеселхайм, А.С. Фалшиво отрицателни тестове за предизвикателства и последици от инфекция със SARS-CoV-2. Волошин, С., Пател, Н. и Кеселхайм, А.С. Фалшиво отрицателни тестове за предизвикателства и последици от инфекция със SARS-CoV-2.Волошин С., Пател Н. и Кеселхайм А.С. Фалшиво отрицателни тестове за инфекции със SARS-CoV-2 и техните последици.Волошин С., Пател Н. и Кеселхайм А.С. Фалшиво отрицателни тестове за провокация и въздействието на SARS-CoV-2 инфекцията. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Мулиу, Д.С. и Гургулянис, К.И. Фалшиво положителни и фалшиво отрицателни случаи на COVID-19: стратегии за респираторна превенция и управление, ваксинация и допълнителни перспективи. Мулиу, Д.С. и Гургулянис, К.И. Фалшиво положителни и фалшиво отрицателни случаи на COVID-19: стратегии за респираторна превенция и управление, ваксинация и допълнителни перспективи. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположителни и лошоотрицателни случаи на COVID-19: респираторна профилактика и стратегии за лечение, ваксинация и по-нататъшни перспективи. Мулиу, Д.С. и Гургулянис, К.И. Фалшиво положителни и фалшиво отрицателни случаи на COVID-19: стратегии за респираторна превенция и лечение, ваксинация и пътят напред.Мулиу, Д.С. и Гургулянис, К.И. Фалшиво положителни и фалшиво отрицателни случаи на COVID-19: стратегии за респираторна профилактика и лечение, ваксинация и пътят напред. Експерт Reverend Respire. медицина. 15(8), 993–1002 (2021).
Мулиу, Д.С., Йоанис, П. и Константинос, Г. Диагноза на COVID-19 в спешното отделение: Виждаш дървото, но губиш гората. Мулиу, Д.С., Йоанис, П. и Константинос, Г. Диагноза на COVID-19 в спешното отделение: Виждаш дървото, но губиш гората.Мулиу, Д.С., Йоанис, П. и Константинос, Г. Диагностика на COVID-19 в спешното отделение: Виж дървото, загуби гората.Мулиу Д.С., Йоанис П. и Константинос Г. Диагноза на COVID-19 в спешните отделения: Няма достатъчно гора за дърветата. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дели-Анджели, Е. и др. Валидиране и валидиране на аналитичната и клиничната ефективност на анализа Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Сравнение на пет комплекта праймери от различни геномни региони на COVID-19 за откриване на вирусна инфекция чрез конвенционална RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Сравнение на пет комплекта праймери от различни геномни региони на COVID-19 за откриване на вирусна инфекция чрез конвенционална RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. и Aflatunyan, B. Сравнение на пет комплекта праймери от различни региони на генома на COVID-19 за откриване на вирусна инфекция чрез конвенционална RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Сравнение на 5 различни генетични региона на COVID-19 за откриване на вирусна инфекция чрез конвенционална RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. и Aflatunyan B. Сравнение на пет комплекта праймери от различни региони на генома на COVID-19 за откриване на вирусна инфекция чрез конвенционална RT-PCR.Иран. J. Microbiology. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. и др. Предварителни резултати от националната програма за външна оценка на качеството за откриване на геномни последователности на SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Аналитична оценка на ефикасността на пет RT-PCR комплекта за тежък остър респираторен синдром, причинен от коронавирус 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Оценка на седем търговски достъпни комплекта за откриване на РНК на SARS-CoV-2 в Китай, базирани на полимеразна верижна реакция (PCR) в реално време. clinical. Chemical. laboratorium. medicine. 58(9), e149–e153 (2020).
ван Кастерен, П.Б. и др. Сравнение на седем търговски RT-PCR диагностични комплекта за COVID-19. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu и др. Сравнение на диагностичната ефективност на два PCR комплекта за откриване на нуклеинови киселини на SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR и др. Сравнително проучване на четири платформи за тестване на амплификация на нуклеинови киселини (NAAT) на SARS-CoV-2 показа, че производителността на ID NOW е значително влошена в зависимост от пациента и вида на пробата. диагноза. микробиология. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Молекула на Abbott. Листовка с инструкции за анализ на SARS-CoV-2 в реално време от Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Към 10 август 2020 г.) (2020 г.).
Klein, S. et al. Изолиране на РНК на SARS-CoV-2 с помощта на магнитни перли за бързо откриване в голям мащаб чрез RT-qPCR и RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).
Време на публикуване: 08 декември 2022 г.
Настройки за поверителност